Druhý díl (Před bouří) líčí složité intriky mezi věrolomným Rackem z Janovic, pánem rožmberským a jeho synem, únos kmetičny Marie a její rozhodnutí vstoupit pro záchranu novice Ondřeje do kláštera a nekonečné třenice německých a českých šlechticů a měšťanů. Jan Nákvasa, trestaný církevní klatbou arcibiskupovou jako představitel radikálního křídla husitského učení, zvedá opět hlavu a nebojácně burcuje proti zlořádům církevním, pronásledován německou i českou šlechtou, která kolaboruje se Zikmundem.